《全國農業現代化規劃（2016-2020年）》（以下簡稱《規劃》）對加強農業麵源汙染防治 、提高畜禽糞便和秸稈等廢棄物資源化利用水平 、降低農業用水係數 、實現化肥農藥“兩減” 、加快重金屬汙染耕地治理 、保護生物多樣性等農業環保相關領域都做出了係統部署和安排 。《規劃》的實施 ，將有利於進一步治理農業突出環境問題 、有利於進一步提高農業生態環保水平 、有利於進一步增強農業可持續發展能力 。

近年來 ，環保部采取了一係列措施 ，積極推進農業環保工作 ，促進農業現代化建設 。一是積極推進農村環保法規建設 。環保部聯合農業部起草並推動《畜禽規模養殖汙染防治條例》（國務院令第643號）頒布實施 ，確立了以畜禽糞便等廢棄物綜合利用 、提高種養結合水平為核心的“少管製 、促發展”的全新立法思路 ，為增強農業可持續發展能力提供了法律依據 ；二是積極推進農村環境綜合整治 。截至2015年 ，中央財政累計安排專項資金315億元，支持全國7.8萬個村莊開展農村環境綜合整治，共建成農村生活垃圾收轉 、處理設施450多萬個 ，畜禽養殖汙染治理設施14萬套 ，農村生活垃圾 、畜禽糞便年處理量分別達2770多萬噸和3040多萬噸，受益人數達1.4億人 ；三是積極推動有機農業發展 。環保部把建設有機食品生產基地作為實現環境保護和生產發展雙贏的有力抓手予以紮實推進 ，2003年以來 ，共建成國家有機食品生產基地176個 ，對促進區域農業生態保護水平提升 、引導農業生產方式轉變起到了積極的示範引領作用 。

但是 ，我國農村環境汙染問題仍然突出 。一是秸稈利用水平還比較低 。我國每年產生秸稈約9億噸，利用率為76.4％ ，每年仍有約2億噸秸稈被露天焚燒或拋棄在河道坑塘 。二是畜禽糞便資源浪費嚴重 。我國每年產生各類畜禽糞便38億噸左右 ，利用率約60% 。其中 ，規模化畜禽養殖化學需氧量 、氨氮排放量是我國水汙染物減排重點和難點 。三是化肥農藥不科學施用導致的汙染 。我國目前的化肥當季利用率僅為三分之一左右 ，農藥有效率不足10％ ，水體富營養化和生物多樣性退化等問題仍然嚴重 。四是農村生活汙水和垃圾處理率低 。我國每年產生1.2億噸生活垃圾和160億噸生活汙水 ，大部分疏於管理 ，而“以獎促治”政策覆蓋率僅約14％ ，農村環境髒亂差情況還未得到根治 。這些問題 ，阻礙了農村和農業的綠色發展 ，與農業現代化和生態文明建設的要求不相適應 。

我國農村和農業環境問題是伴隨著我國農村社會經濟發展而來的 。簡單的講 ，就是原先基於一家一戶的小規模低水平循環農業 、種養結合模式被依靠化肥 、農藥投入的化學農業模式所打破 ，而新型的基於更大規模更高水平的循環農業 、種養結合模式沒有形成 ，大量糞便 、秸稈等資源得不到有效利用 ，地力普遍下降 ，不得不依靠更多的化肥等投入品來保障農作物產量 。

為此 ，必須從引導農業生產方式和農村生活方式轉變入手 ，推動我國農業環境問題的逐步解決 。一是要通過科學劃定禁養區 ，減少規模化養殖對飲用水源 、人口集中區等環境敏感點的環境壓力 。二是要建立糞便 、秸稈等有機廢棄物“收集-轉化-利用”三級體係 ，引入社會資本 ，引導農民參與 ，建立以“用”為核心 、以利益共享為基礎的治理體係及長效機製 。

三是進一步推動畜禽養殖業適度規模發展和合理布局 ，提高種養結合水平 ，促使更多畜禽糞肥實現就地就近利用 ，提升地力 ，促進化肥減量 。四是采取獎勵和監督相結合的方式 ，積極落實農村生活垃圾分類 ，實現農村生活廢棄物減量化 、資源化 ，進一步降低農村生活垃圾處理成本和環境風險 。五是以提高水資源利用率為核心 ，因地製宜地采取生態化、低成本 、免維護的農村生活汙水處理模式 ，不斷提高農村生活汙水處理和利用水平 。六是加大農業生態保護力度 ，進一步推進退耕還林還濕 ，加大漁業資源保護力度，科學推動休耕輪作 ，加強土壤汙染防治和耕地保護 ，加快解決農業突出環境問題 。